Ahh, right you are.
So, here are the readings sorted by number of occurrences in kanji. (It’s not so easy to do the same for readings in vocab):
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56:
しょう
54:
こう
39:
か, かん
35:
し
34:
き
31:
そう
29:
とう
28:
せい
26:
けん
24:
い, しん, せん, ちょう
23:
きょう, さい
22:
けい, ほう, ぼう
20:
じょう, てい, はん, ひ
19:
こ, りょう
18:
かい, しゅう, ふ
17:
きゅう, たい
16:
かく, ゆう, よう
15:
じ
14:
ご
13:
さ, せき, たん, は
12:
げん, そ
11:
えん, ぎ, しゃ, すい, と, どう, はい, れい
10:
えい, きょ, きん, こん, さん, しゅ, じゅう, じゅん, ぞう, りゅう, ろう
9:
お, がい, しょ, す, せつ, だん, ち, ちゅう, はく, ひょう, へい, よ
8:
う, こく, さつ, しょく, じん, そく, たく, ふく, ふん, ぶ, ゆ
7:
いん, おう, く, さく, しつ, じょ, た, つ, てん, ほ, もう, や, り, りん, れん
6:
がん, けつ, だ, だい, てき, とく, ねん, ばい, へん, ぼ, めい, やく, ろ
5:
あ, え, えき, かた, かつ, が, ぎょう, ごう, ざい, しゃく, しゅく, ぜん, そん, ぞく, ちん, てつ, ど, な, にん, のう, ばく, ばん, びょう, ぼく, み, もん
4:
あい, おん, がく, け, ざん, しき, しゅん, じゅ, なん, に, の, ば, ひん, び, びん, ふう, ま, まい, まつ, まん, みょう, む, めん, も, よく, らい, らく, らん, りょ, るい, れつ, わ
3:
あつ, あん, えつ, おく, かわ, きゃく, きょく, くつ, くん, ぐん, げ, げい, げき, こま, すう, ちく, とつ, にゅう, ね, はち, ばつ, ひつ, ぶん, べん, ほん, ぼん, め, もく, りつ, る
2:
あく, あさ, あま, いく, いつ, うら, かさ, かな, かみ, きつ, ぎゃく, ぎょ, ぎん, くさ, くも, ぐ, ぐう, こた, ごく, ごん, さと, しか, しち, しば, じつ, じゃく, じゅく, じゅつ, じょく, すみ, すん, ずい, せ, ぜい, そつ, だく, ちつ, ちょ, つい, つう, でん, とん, どく, どん, ない, なつ, はし, はじ, はな, はる, ひめ, ひろ, べつ, まく, みつ, みん, ら, れき, ろく, わく
1:
あおい, あか, あかつき, あかね, あき, あけぼの, あこが, あずさ, あせ, あそ, あたい, あたま, あつか, あな, あに, あめ, あら, あらし, あんず, いき, いけ, いし, いそが, いだ, いち, いと, いな, いぬ, いね, いばら, いも, いろ, いわ, うかが, うた, うつ, うで, うば, うめ, うやうや, うわ, うん, えり, おか, おき, おつ, おど, およ, おれ, おろ, おろし, かえ, かお, かか, かがみ, かき, かぎ, かけ, かたまり, かに, かの, かぶ, かべ, かま, かめ, からす, かる, かれ, かろ, かんが, がつ, がら, がわ, きく, きち, きつね, きり, ぎゅう, くう, くき, くせ, くちびる, くび, くま, くわ, げつ, こい, こえ, こおり, こし, こつ, こと, これ, ころ, ごろ, さか, さき, さくら, さま, さむ, さむらい, さら, さる, さわ, ざ, ざつ, しお, しおり, した, しの, しま, しも, しゅつ, しり, しるし, しろ, じき, じく, じゃ, すが, すき, すぎ, すく, すけ, ず, せば, せま, ぜ, ぜつ, そこ, そば, ぞん, たき, たけ, たつ, たて, たな, たに, たま, たまご, たましい, だつ, だれ, ちが, ちち, ちゃ, ちゃん, ちゅ, ちょく, つか, つくえ, つた, つて, つな, つぼ, つま, つめ, つる, づ, て, てら, で, でい, とうげ, とお, とち, とど, とら, なか, なし, なぞ, なに, なべ, なや, なり, にく, にしき, にじ, にち, にょう, ぬ, ぬま, ねい, ねこ, ねつ, のま, のろ, はこ, はさ, はた, はたけ, はだ, はつ, はと, はね, はは, はば, はま, はやし, はやぶさ, はら, はり, ひか, ひき, ひさ, ひだり, ひゃく, ひる, ふくろ, ふじ, ふつ, ふな, ふね, ふゆ, ぶた, ぶつ, へび, べい, ほく, ほし, ほそ, ほたる, ほり, ぼつ, まくら, ます, また, まつり, まど, まる, みが, みぎ, みさき, みず, みどり, みな, みみ, みゃく, みや, みんな, むかし, むぎ, むこ, むし, むすめ, むね, むら, めす, めつ, もつ, もど, もの, もも, もり, やす, やみ, やや, ゆい, ゆき, ゆび, ゆる, ようや, よこ, よど, よめ, よろ, よろこ, よん, りき, りく, りゃく, りょく, れふ, ろん, わい, わか, わが, わき, わた, わに, わら, わり, わん